华为云原生基础设施加速基因测序

来源:至顶网云计算频道    2020-12-22 15:54:53

关键字: 华为云

基因研究一直是农作物科学领域的一大高地,基因测序工程集合了DNA聚合酶、纳米技术、高性能计算等领域尖端科技,进行农作物全品种基因测序,对推动农业发展、增加作物产量,起到关键作用。

       基因研究一直是农作物科学领域的一大高地,基因测序工程集合了DNA聚合酶、纳米技术、高性能计算等领域尖端科技,进行农作物全品种基因测序,对推动农业发展、增加作物产量,起到关键作用。

  然而,基因测序工程,动辄需要数万/数十万个基因测序及模型建立,需要大量的计算和存储资源,常见的基因转换、拼接、对比、注释全流程,用一台高性能服务器运行耗时30多个小时,数万乃至十万级的基因测序任务,对网络、存储、算力,以及业务响应的及时性、可靠性、安全性有极高的要求。尤其是随着第三代测序的推广,在极大提升了测序准确性的同时,对计算资源也需求增长了数百倍,自建数据中心进行基因测序,在技术、建设周期和投资成本、运维成本上都面临巨大的挑战。

  华为云容器批量计算让基因测序开足马力

  早在2018年,华为云就针对基因测序行业所面临的困难,提供基于容器技术的解决方案,并发布了基因容器服务(Gene Container Service, GCS)。今年,综合基因测序、AI、大数据、HPC等场景的共性诉求,华为云将基因容器全面升级容器批量计算服务(Batch Container Engine,BCE),为基因测序提供更高效、更易用、极致性价比的解决方案。

  容器批量计算服务基于云容器引擎(CCE)、云容器实例(CCI)、智能边缘平台(IEF)等基础设施,提供多集群、多任务/异构资源混合调度能力,并支持多队列管理,让多业务应用规划更便捷。相比于传统批量任务处理方案,容器批量计算服务在性能、调度、运维、成本等方面都具备明显优势:

  ·更高效 任务处理性能提升30%以上

  面向容器/应用的调度算法优化,TPC-DS测试较原生K8s效率提升30%以上,调度性能1000 PODs/秒 ,业界平均水平的十倍,同时支持跨Region进行资源调度,保障算力充足可用。

  ·更易用 开箱即用免运维

  通过自动统一的资源管理,屏蔽复杂的环境依赖,用户不用考虑环境维护成本,仅需要将精力专注在应用本身,开箱即用,一处部署,处处可用。

  ·极致性价比 实现性能与成本的最佳平衡

  基于容器技术,提供秒级弹性伸缩能力,扩容速度可达30秒扩容8000核,在流量突增时能快速弹性扩容,保障业务的连续性和高稳定性,通过按秒计费策略实现成本的精细化管理。

  ·丰富的硬件生态 满足不同场景的差异化算力诉求

  容器批量计算支持 X86、鲲鹏、昇腾、GPU等多样化算力集群的混合部署,结合业务特点,灵活分配资源,同时支持推理流量多种分发策略,可使综合成本降低30%。

  华为云云原生高性能计算行业客户首选

  基于容器批量计算,华为云还推出了云原生高性能计算解决方案,并与生物、医疗等各行业知名厂商合作,形成面向不同细化领域的行业化解决方案:

  ·华大基因:云原生高性能计算解决方案为华大基因提供云端基因测序解决方案,通过对常用的软件优化,更好的支撑DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。

  ·武汉希望组:利用三代测序优势,并采用5G传输、云原生高性能计算解决方案作为分析引擎和算力资源池,构建全流程的病毒基因组实时分析平台,适合在大范围内同时开展疫情的检测工作。

  ·金橡医学:基于云原生高性能计算解决方案打造的全容器基因测序解决方案,使得将有限的资金实现最大化利用,助力金橡医学在市场上占得先机。

  ·上海生科院:VIC(Virus Identification Cloud)得到云原生高性能计算解决方案强大计算能力的支持,可提供高通量多样本并行云端分析能力,助力临床诊断,还可监测病毒变异趋势。

  华为云云原生高性能计算解决方案以应用为中心,并基于华为云擎天架构的深度软硬协同能力,为业务提供多元算力、极致性能、极致体验的云原生基础设施,还再次升级了企业应用架构,统一企业在线与离线业务的运行平台,简化业务运维、提升资源利用率,进一步加速了企业业务敏捷创新,目前已经在AI、大数据、视频转码等领域得到广泛应用。

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