“戴尔侠--DELLMAN”：能力越大 责任越大

看过电影《蜘蛛侠》都会记住一句台词，“能力越大，责任越大”。男主角因为基因突变由弱小变强大。虽然是虚构的故事，但是人们对于身体的深度发掘，确实一直在进行。当今科技的发展，人们通过基因的研究，虽说没有向科幻片表现的那么神奇，但是通过基因检查第一时间查找人类的一些疾病，目前取得了巨大的进展。

基因测序要求超级硬件做后盾

但是基因组需要几十亿个标记，如果每秒列出一个数字，需要花96年才可以数到30亿。但是基因检查需要对着30亿标记进行至少上30次以上的检测。这样算下下来几千年都检测不出。这就需要计算能力超强的高性能计算集群，来帮助专家来研究解决各种病因的基因检查。正是应了那句台词“能力越大，责任越大”。

翻译基因组研究院(TGen)就是针对神经母细胞瘤试验的下一代基因组测序技术，这些测序技术产生了大量的数据，为了及时处理这些信息，TGen需要构建一个新的HPC集群。

戴尔为TGen带来的蜕变

为了克服这些挑战，TGen采用了DellPowerEdgeM710HD刀片服务器集群。刀片服务器运行CentOSLinux，它们被安置在三个DellM1000e模块化刀片服务器盘柜中。DellForce10C300和S481010-Gigabit交换机为集群的800个核心提供连接。“我们选择DellForce10交换机是因为它们的每端口成本和无阻塞性能，”Lowey说。“从我们原有的CiscoCLI迁移到DellForce10网络设备可以说一点也不麻烦。”

对于数据存储，TGen构建了一个多层次解决方案，它结合了DellFluidData架构中的多种技术。“我们将拥有基于Dell的文件系统，支持高速的并行文件访问，”Lowey解释说。“DellCompellent存储将支持更多传统应用程序，如MicrosoftSQLServer数据库和实验室的文件共享。最后，我们期望利用DellDXObjectStoragePlatform进行数据归档。我们对DellDX平台感到很兴奋，因为每TB的成本使得我们可以经济实惠地存储大量的数据，将数据量扩展到PB级，并且，平台将元数据与数据本身一起存储，这样的方式将使我们能够利用高级工具来挖掘我们庞大的数据集。

此性能提高对患者可能是生死攸关的。“我们采取分而治之的方法来处理数据，”Corneveaux说。“我们可能会将1个TB分割成1,000个不同的作业，让它们在Dell集群上分开运行，最后将它们全部重新合并在一起。将处理一个基因组的时间缩短了几天，甚至几周。我们在和可能5岁前就会死亡的患者打交道，所以几天也极为重要。如果我们能够帮助医生将正确的药物开给患者，我们就可以帮助让这种疾病好转。如果没有我们在这里已经建立的架构，这将是完全不可能的。”

此外，HPC集群让TGen能够应对新的数据分析挑战。“我们现在可以解决更大的问题，”TGen的神经基因组学助理教授MattHuentelman说。“对于患有恶性癌症的病人来说，更重要的是，我们可以克服具有高时效要求的问题。在过去，要求即时结果的问题是禁地。我们有一条用于分析数据的路径，但我们知道结果不可能及时返回来给予帮助。现在我们可以深入探究当天就需要回答的问题。”

蜘蛛侠变身：一个管理员管理800个服务器核心

总而言之，集群的最高性能是八万亿次浮点运算。“我们处理患者数据的能力提高了12倍，”Lowey说。

TGen使用在基于VMware的虚拟平台上运行的DellOpenManage来管理Dell刀片服务器。“对我们的多台刀片服务器实现单点管理，这大大简化了管理工作，”Lowey说。“一个人就可以轻松管理我们的800个核心，而在此之前，我们将需要至少两个人来做同样的工作。”

能力越大责任越大携手拯救生命

现在，Dell正在帮助TGen解决长距离通信的挑战。“我们在研究项目中与来自世界各地的组织的许多不同专业人才合作，”Suh说。“除了患者以外，我们还与临床医生、病理学家和从患者身上收集样本的其他人合作。生物学家解剖样本。基因学家对样本应用最新的基因组学技术，而生物信息学家则破译数据。在设计临床研究框架时，我们与生物统计学家、计算机科学家和软件工程师合作。我们需要一个高吞吐量的环境，所有这些人都可以用它来协同工作。”

TGen和Dell正在开发一个基于云的协作系统来促进这种互动。“该项目的目标是实现长期对象存储、站点之间的快速数据传输，以及从患者到生物信息科学家、试验管理人员的透明，”知识计算架构师PrestonLee说。

“Dell与我们并肩合作来交付解决方案，”Mousses说。“有一个愿意挽起袖子帮助我们解决一些最棘手的IT问题的合作伙伴在身边，是非常难能可贵的。”

Lowey补充说：“Dell的工程师和架构师已经反复证明了他们是一群最聪明的技术人才。不管我有什么问题，每当我致电Dell时，我都相信自己会得到一个满意的答复。当我们提出问题时，Dell支持服务人员总是会迅速而有效地予以答复，

并且Dell卓越的HPC技术和整体方案正在帮助我们构建一个十分高效且易于管理的系统。”

小结

可以看到，戴尔端到端解决方案不仅让基因组研究院如虎添翼。同时因为戴尔本身基因的不断强大，也让戴尔在帮助用户实现价值的能力越来越强。正是印证了那句话“能力越大、责任越大”。